La crittografia del trasporto protegge i dati mentre viaggiano tra sistemi, comunemente cifrando una connessione con protocolli come TLS. Per la posta elettronica, può proteggere la connessione tra il server di posta del mittente e quello del destinatario, contribuendo a impedire agli osservatori della rete di leggere o modificare il traffico durante il trasferimento.
Non cifra necessariamente il messaggio stesso da un capo all'altro. I server di posta potrebbero essere in grado di accedere al contenuto dopo la terminazione di una connessione protetta, e i messaggi potrebbero essere inviati tramite collegamenti non cifrati se non è possibile stabilire una connessione sicura. Gli aggressori potrebbero prendere di mira queste lacune, mentre i difensori configurano TLS, monitorano le impostazioni di consegna e usano la cifratura dei contenuti quando i messaggi devono restare protetti dai sistemi intermedi.