La cifratura trasparente protegge i file senza richiedere agli utenti di cifrarli o decifrarli manualmente. A seconda del sistema, la cifratura può essere applicata automaticamente e rimanere associata a un file mentre questo viene trasferito tra sistemi, ad esempio da una compagnia assicurativa a un broker o a un fornitore di servizi cloud. I controlli di accesso determinano chi può utilizzare i dati protetti.
Questo è importante perché i file sensibili possono uscire dalla rete di un'organizzazione ed entrare nei flussi di lavoro dei partner, dove le difese perimetrali non offrono più una protezione sufficiente. Negli attacchi, i file sottratti o a cui si è avuto accesso in modo improprio possono essere esposti anche dopo essere stati condivisi; la cifratura a livello di file può ridurre questo rischio quando le chiavi e le autorizzazioni sono gestite in modo efficace. I difensori dovrebbero verificare come si comporta la protezione durante la copia, l'elaborazione e l'archiviazione, e rivedere la gestione degli accessi e delle chiavi. La cifratura trasparente è una misura di riduzione del rischio, non un sostituto della protezione dei sistemi e degli account che gestiscono i file.