Una commissione per transazione è un costo applicato a un singolo pagamento. Il suo importo può dipendere da fattori quali il metodo di pagamento, il circuito della carta, le condizioni del fornitore o il valore della transazione. A differenza di un costo mensile fisso, in genere aumenta o diminuisce in base al numero o al tipo di pagamenti elaborati.
Per gli esercenti, tenere traccia di queste commissioni aiuta a effettuare riconciliazioni accurate, a pianificare il budget e a esaminare i pagamenti contestati o sospetti. Nei sistemi di pagamento, registrazioni poco chiare delle commissioni possono rendere più difficile individuare attività insolite o verificare discrepanze. Una commissione per transazione non è di per sé una minaccia alla sicurezza, ma gli esercenti dovrebbero comprendere le tariffe del fornitore, esaminare gli estratti conto e confrontare i registri delle transazioni con i dati di vendita.