Il fingerprinting lato server è una tecnica web in cui il server raccoglie e valuta le caratteristiche del visitatore prima di decidere quale pagina restituire. Queste caratteristiche possono includere la reputazione dell'IP, le stringhe user-agent, gli header, gli indizi sul fuso orario, i fingerprint TLS, le impostazioni della lingua e altri metadati della richiesta. A differenza del fingerprinting lato client, la decisione avviene sul web server, quindi il visitatore può vedere una pagina innocua, un vicolo cieco oppure il vero contenuto malevolo.
Nel campo della sicurezza informatica, questo è importante perché aiuta gli aggressori a nascondere i payload da crawler, sandbox e analisti occasionali. Una pagina di phishing o malware può apparire innocua a meno che la richiesta non corrisponda al profilo bersaglio, come uno specifico sistema operativo o browser. Anche i difensori usano il concetto per il controllo legittimo degli accessi e il rilevamento dei bot, ma nelle campagne abusive diventa cloaking: distribuzione selettiva che rende più difficili rimozione, rilevamento e analisi. Quando una pagina di download cambia comportamento in base alle caratteristiche del browser, gli investigatori dovrebbero considerarlo un forte segnale che qualcosa viene nascosto.