L'integrazione metodologica è il grado in cui una tecnologia si adatta ai metodi di insegnamento, alla struttura della lezione e al flusso di lavoro in classe che è pensata per supportare. Uno strumento può essere tecnicamente disponibile e tuttavia essere poco adatto se costringe gli insegnanti a modificare la progettazione delle lezioni in modi poco pratici o aggiunge passaggi che non migliorano l'apprendimento.
Questo concetto è importante nella tecnologia educativa perché l'adozione da sola non dimostra il valore. Una buona integrazione significa che lo strumento supporta l'istruzione in modo naturale: si allinea alla pedagogia, funziona con gli obiettivi di valutazione ed è utilizzabile dagli insegnanti nel momento della somministrazione. Nelle implementazioni reali, una scarsa integrazione metodologica si manifesta spesso con un basso utilizzo in classe, soluzioni di ripiego o funzionalità a cui si accede ma che non vengono utilizzate in modo significativo. Una forte integrazione, al contrario, aiuta la tecnologia a diventare parte del processo di insegnamento anziché un'attività separata.