La decodifica manuale consiste nell'interpretare un pattern codificato senza affidarsi a uno scanner per leggerlo automaticamente. Nel caso di un codice QR, significa esaminarne la griglia e capire in che modo la sua struttura rappresenta i dati. Poiché i codici QR includono informazioni di formattazione e di correzione degli errori, oltre ai dati del payload, decodificarli a mano può essere difficile e soggetto a errori.
In ambito di sicurezza informatica, la lezione utile è verificare cosa contiene un codice, senza presumere che il suo aspetto ne riveli lo scopo. Un codice QR può codificare un link o informazioni di contatto; controllare il payload decodificato prima di aprirlo o usarlo può aiutare a evitare di raggiungere una destinazione imprevista. La decodifica manuale è un modo alternativo per esaminare i dati, non una garanzia che siano sicuri né un sostituto abituale di uno scanner.