La pulizia manuale è un approccio di scansione e rimedio che viene eseguito su richiesta invece che in modo continuo in background. Un utente o un amministratore avvia una scansione, lo strumento controlla file, processi, impostazioni del browser e altri comuni punti di persistenza, quindi mette in quarantena o rimuove tutto ciò che viene segnalato come dannoso o sospetto.
Questo è importante perché non tutte le minacce richiedono un monitoraggio costante. La pulizia manuale è utile per controlli a campione, verifiche successive a un incidente e dispositivi che dispongono già di difese di base ma hanno comunque bisogno di un modo aggiuntivo per cercare adware, estensioni indesiderate o componenti residui di malware. Nelle difese reali, spesso funziona come un secondo parere o come strumento di riparazione dopo che si sospetta un'infezione. Negli attacchi, può essere ostacolata da minacce che si nascondono in posizioni meno ovvie o che ricompaiono tramite elementi di avvio e attività pianificate, quindi una pulizia efficace di solito combina la scansione con la verifica che il meccanismo di persistenza sia stato rimosso.