L'isolamento funzionale è la pratica di separare le funzioni del sistema in modo che un guasto, una compromissione o uno stato non sicuro in una parte non si propaghi facilmente alle altre parti. Nei sistemi cyber-fisici, questo può significare mantenere separati in modo sufficientemente netto la logica di controllo, le funzioni di sicurezza, le interfacce operatore e i canali di comunicazione, così che un componente compromesso non possa attivare direttamente tutti gli altri. È un concetto fondamentale di resilienza nelle infrastrutture critiche, perché gli aggressori spesso cercano di passare da un punto d'appoggio digitale esposto a un controllo operativo più ampio.
Nella difesa, l'isolamento funzionale si manifesta in architetture che usano controller di sicurezza indipendenti, reti segmentate, override manuali e percorsi di backup non digitali. Queste misure riducono il raggio d'azione di un'intrusione: se il malware raggiunge un sottosistema, non dovrebbe disabilitare automaticamente la protezione, alterare ovunque le letture dei sensori o causare una reazione a catena di guasti. Negli attacchi, la mancanza di isolamento funzionale è ciò che rende così pericolosa una singola compromissione; nella progettazione secure-by-design, è uno dei principali modi per contenerla.