La manomissione della configurazione è la modifica non autorizzata delle impostazioni dell'applicazione, delle preferenze o dei file di criteri in modo che il software si comporti in modo diverso senza che il suo codice venga cambiato. Gli aggressori spesso prendono di mira la configurazione perché è più facile da alterare rispetto ai binari e può reindirizzare silenziosamente il traffico, indebolire i controlli di sicurezza o cambiare quali dati un'app può accedere. Nella sicurezza informatica, questo è pericoloso perché la fiducia spesso dipende da impostazioni che decidono dove vanno le informazioni e quali azioni sono consentite.
Negli attacchi reali, la manomissione può comportare la modifica di file di preferenze locali, il cambiamento di chiavi di registro, l'attivazione di flag nascosti o l'abuso delle autorizzazioni di automazione per reindirizzare input e output. I difensori cercano controlli di integrità, impostazioni firmate o protette, accesso con privilegi minimi e avvisi per modifiche di configurazione inattese. Un buon monitoraggio è importante perché un programma può rimanere intatto mentre il suo comportamento viene di fatto dirottato attraverso il livello di controllo che lo circonda.